Tuva Lagerbäck blev matchhjälte med sitt avgörande 3-2-mål efter 90 minuter.
Vadstena tog en tidig ledning. Anna Persson slog till, redan i åttonde minuten.
Åby kvitterade till 1-1 i 23:e minuten, genom Linn Josefsson. Åby gjorde också 2-1 i 65:e minuten när Nora Blom hittade rätt.
Med fem minuter kvar att spela kvitterade Vadstena genom Ellen Storm Edholm.
Det matchavgörande målet kom i 90:e minuten, när Tuva Lagerbäck gjorde 3-2 för Åby. Det fastställde slutresultatet till 3-2.
Åby har två segrar och tre förluster på de senaste fem matcherna, medan Vadstena har en vinst, en oavgjord och tre förluster.
Med två omgångar kvar är Åby på sjätte plats i tabellen, medan Vadstena är på femte plats.
Söndag 2 oktober 17.00 spelar Vadstena hemma mot Åtvidabergs FF.