Det blev förlust med 1-3 i set mot fransmannen Berthier. Dessförinnan hade Karlsson vunnit semifinalen mot Storbritanniens Shilton med 3-1.
Det betyder att Berthier är klar för Paralympics i Tokyo i höst.
Det finns dock för Motalaspelaren en sista chans till en plats i Tokyo i form av ett wildcard.
– Självklart tråkigt att han förlorat finalen när det bara är vinst i turneringen som räknas. Hade det varit en vanlig tävling hade vi varit mycket nöjda. I finalen möter han en spelare som han aldrig har mött tidigare som spelar med en ovanlig spelstil. Nu tror och hoppas vi ändå på ett wildcard som delas ut om några veckor, kommenterar förbundskaptenen Daniel Ellermann.