Matchen slutade 4-3 (3-2). Jönköping hade före lördagens match fyra förluster i rad.
Lukas Wahlgren blev matchhjälte med sitt avgörande 4-3-mål på stopptid.
Med det tog hemmalaget Jönköping en skön revansch, eftersom Motala vann senaste mötet lagen emellan med hela 9-2.
Jönköping tog ledningen i början av första halvleken genom Malte Ekenstierna.
Motala gjorde 1-1 genom Melvin Klint i sjätte minuten av halvleken.
Jönköping gjorde dock två mål i matchen och gick från 1-1 till 3-1, målen av Lukas Wahlgren och Linus Ljungkvist.
Motala reducerade dock på nytt till 3-2 genom Patrik Spångberg i 27:e minuten av halvleken. Motala kvitterade också till 3-3 genom Filip Påhlson i andra halvleken.
Jönköping gjorde dock 4-3, på nytt genom Lukas Wahlgren i 90:e minuten och avgjorde matchen.
Jönköping har en seger och fyra förluster och 22-33 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Motala har tre vinster och två förluster och 30-18 i målskillnad. Förlusten var Motalas andra uddamålsförlust.
Med en omgång kvar är Jönköping på nionde plats i tabellen, medan Motala fortfarande leder serien, två poäng före Skirö.
När lagen senast möttes vann IFK Motala med 9-2.
I nästa match möter Jönköping Åtvidaberg borta och Motala möter Katrineholm U hemma. Båda matcherna spelas söndag 23 februari 17.00.