Båda lagen var borta från slutspel inför matchen, men mentalt var det förstås viktigt att vinna ändå.
IFK Motala hade tidigare fyra raka förluster i Svenska cupens gruppspel.
Nu blev det seger inför 200 åskådare i Nässjös hall. Två Motalabor och två Mjölbybor fanns i publiken, enligt IFK Motalas klubbchef Pär Beckne.
Joona Rajala, finländaren från Björneborg, gjorde 1-0 på hörna och 2-1 på pass från nye lagkaptenen Anders Persson.
Vänersborg kom tillbaka till 2-2 efter mål av Linus Hagman och Adam Hero Löf.
Matchen stod 2-2 in i slutminuterna, men då avgjorde IFK genom mål av först målkungen Philip Florén och sedan unge Filip Påhlson.
IFK kom till spel utan de två finska landslagsmännen Casper Hänninen, känning, och Elias Gillgren, lätt skadad efter smäll senast mot Frillesås. Det var en säkerhetsåtgärd med båda.
Anton Spångberg gick in som back och Alex Höög som ytterhalv och båda ersatte på ett bra sätt.
– En klar skillnad på vår insats jämfört med tidigare. Det var bra i dag, med bra energi och vi släpper lös det bra i anfall, kommenterar IFK-tränaren Simon Hansson efter segern.
Nu spelar IFK Motala "hemma" igen på lördag mot Vetlanda BK, då i Hydro arena i Vetlanda. Klockan 15 är matchen och den livesänds på Öst media. Vetlanda har möjlighet att, tillsammans med Villa-Lidköping, gå till slutspelet i Lidköping 14-15 oktober.
IFK Motala ligger ändå fortsatt sist i gruppen.
Till sist: Rösta på webben på frågan om du tror att hallfrågan kommer att påverka IFK Motalas prestation i elitserien i vinter.