Vid undertecknandet i Taipei sade Stark-Watzinger att det var "ett stort nöje och en ära" för henne att vara den första tyska ministern att besöka ön på mer än två decennier.
"Detta arrangemang symboliserar ett stärkt samarbete, grundat på demokratiska värderingar, transparens, öppenhet, ömsesidighet och vetenskaplig frihet", sade hon.
Det tyska besöket i Taiwan får dock hård kritik av det kinesiska utrikesministeriet.
"Kina har uttryckt protester och starkt missnöje med våra tyska motparter i Peking och Berlin", sade talesmannen Wang Wenbin under en pressträff på tisdagen.