Karriärdiplomaten Mark Sedwill blev statssekreterare och nationell säkerhetsrådgivare åt Johnsons företrädare, konservativa Theresa May, och blev sedan kvar.
I ett brev på söndagen förklarade Sedwill att han varit kvar på posten under "en akut fas" med bland annat coronapandemin, och att han lämnar när regeringens fokus inriktas på förnyelse.
Men bakom brevets innehåll finns uppgifter att Sedwill och Johnsons tunge politiske rådgivare Dominic Cummings hamnat på kollisionskurs. Cummings har tidigare sagt att regeringens möjlighet att genomföra förändringar försvåras av ickepolitiska tjänstemän.
Johnsons kansli tackade i ett svarsbrev Sedwill för hans tjänster, och bad honom leda en grupp som arbetar med frågor som rör det internationella samarbetet inom G7-gruppen.
David Frost, som varit Storbritanniens chefsförhandlare gentemot EU, tar över som nationell säkerhetsrådgivare.