Minst två personer har dött och 37 har skadats i olyckan, enligt lokala myndigheter.
Totalt var det drygt 200 passagerare ombord tåget. Olyckan inträffade i Soure, tre mil utanför staden Coimbra norr om Lissabon. Enligt borgmästaren i Soure är det två personer som arbetade vid tågspåret som omkom i olyckan. Av de 37 skadade är sju utav dem svårt skadade, bland annat lokföraren.
Portugals president Marcelo Rebelo de Sousa har sagt att han skickar sina kondoleanser till offren och deras närstående.