Olyckan skedde omkring tre mil utanför den turkiska kusten, i havets nordöstra hörn, enligt Turkiets kustbevakning. Ingen ska ha kommit till skada ombord på det grekiska fartyget.
Olyckan sker i ett spänt läge mellan Turkiet och Grekland, som i somras spände sina militära muskler och iscensatte stora övningar ungefär i samma område.
Greklands utrikesdepartement framför kondoleanser till de omkomnas anhöriga via Twitter.