Åtgärden är en följd av att fartyget inte följt säkerhetsreglerna, meddelar kustbevakningen.
I april förbjöd Italien räddningsfartyg att lägga till vid hamnar i landet fram till och med den 31 juli på grund av coronapandemin.
Alla som räddats till havs hänvisas till stora karantänskepp utanför landets kust. Fartyget Sea Watch-3 hade förtöjt i hamnen Porto Empedocle på sydvästra Sicilien och passagerarna sattes i karantän på fartyget Moby Zaza. 28 av dem har testats positivt för coronaviruset.
Enligt uttalandet från kustbevakningen har flera oegentligheter som hotat passagerarnas säkerhet upptäckts på fartyget.