Ytterligare fyra barn skadades och en vuxen kvinna miste livet.
Till afghanska nyhetsmediet Tolo säger Attaullah Khogyani, talesperson för Nangarhars guvernör, att översvämningen inträffade i byn Qalatak och att den utöver dödsfallen även förstörde dussintals hus.
Enligt Khogyani har en hjälpinsats skickats till byn för att bistå de drabbade.