Enligt valmyndigheten diskvalificeras Medborgaralliansen för frihet (CXL) eftersom dess ledare och juridiskt ansvariga innehar dubbelt medborgarskap – i USA och Nicaragua – vilket uppges strida mot lagen.
Högerpartiet PLC, som är största oppositionsparti i parlamentet och som har signalerat att man är villigt att samarbeta med regeringen, hade krävt att CXL skulle stoppas med hänvisning till just detta. Valmyndigheten, med nära band till Ortegas regering, beslutar också att dra in CXL-ledaren Carmella Rogers Amburn nicaraguanska medborgarskap. Med enbart ett amerikanskt medborgarskap riskerar hon därmed utvisning.
75-årige Ortega, som anklagas för ett alltmer auktoritärt styre, har suttit vid makten sedan 2007.
Under de senaste två månaderna har över 30 oppositionspolitiker gripits, därav sju presidentaspiranter. Den senaste att frihetsberövas var den tidigare vinnaren av skönhetstävlingen Miss Nicaragua, Berenice Quezada, som registrerat sig som kandidat för CXL. 27-åringen anklagas för att ha uppviglat till hat och försattes i torsdags i husarrest.
Valet i det centralamerikanska landet är planerat till den 7 november.