Barnen, som tillhörde samma familj, dödades när deras hus i distriktet Dwamanda i provinsen Khost, träffades under attacken.
Två flickor i familjen skadades i granatexplosionen.
Enligt lokala myndigheter ligger den extremistiska talibanrörelsen bakom barnens död. Talibanerna har inte kommenterat saken.