Ytterligare 24 personer omkom i branden som härjade i åttavåningshuset där kliniken låg i mitten av november.
Vittnen ska ha sett den misstänkte mannen tända på en papperskasse med brandfarlig vätska.
De flesta offer dog av kolmonoxidförgiftning, och befaras ha hindrats från att fly av en blockerad utgång.
Public service-kanalen NHK rapporterar att mannen dog innan han kunnat förhöras av polis.