Anfallet skedde tidigt på måndagen vid Cotenaf-basen nära Bossangoa i väst. Enligt vittnen träffades både basen som används av den ryska Wagnergruppen samt bostäder runt omkring.
Det är oklart vem som ligger bakom anfallet. Planet sågs flyga norrut innan det lämnade landets luftrum.
Wagnerstyrkor anlitas av CAR för att skydda landets guld- och diamantgruvor och hålla rebellgrupper på avstånd. De anklagas samtidigt för att bryta mot mänskliga rättigheter i landet.