Mohamed Abdelsalam Babiker säger att han är orolig för de över 25 000 eritreaner som bodde i flyktinglägren Hitsats och Shimelba, som uppges ha förstörts av eritreanska och etiopiska styrkor i samband med den väpnade konflikten mellan Etiopiens centralregering och styret i Tigray.
Konflikten rasade från november i fjol till januari i år.
Babiker säger att han fått förstahandsvittnesmål om civila som dödats eller förts bort samt om påtvingade återvändanden till Eritrea. Enligt FN-rapportören, som lyder under FN:s människorättsråd, sitter många migranter nu fängslade i Eritrea.
När FN:s särskilda rapportörer uttalar sig sker det inte i FN:s namn.