Redan 2008 sattes målet att Östgötatrafiken skulle ha en fossilfri busstrafik i hela länet. Samtliga bussar som är stationerade i Linköping, Norrköping och Motala tätorter drivs sedan några år tillbaka på biogas som produceras lokalt. Den görs främst av avfall från livsmedelsindustrin, restauranger och privata hushåll i form av ”den gröna påsen”.
Sedan juni 2015 drivs även samtliga bussar i expressbusstrafiken på HVO, hydrerade vegetabiliska oljor. Det är ett fossilfritt drivmedel som framställs från slaktavfall och olika restprodukter. I samband med att de nya entreprenörsavtalen för landsbygdstrafiken trädde i kraft under sommaren 2016 blev även den fossilfri. En majoritet av bussarna på landsbygden drivs med HVO och några få med RME, rapsmetylester, som görs av rapsolja och kan användas i vissa dieselmotorer.