Inbrottet upptäcktes tidigt på lördagsmorgonen och polisen fick larmet kl 07.06.
– De tog sig in genom att bryta upp en sidodörr. Vi har gjort en brottsplatsundersökning och säkrat en del spår, säger polisens vakthavande befäl Jan Fryksén.
Tjuvarna verkar enbart ha varit ute efter kontanter och det enda som verkar vara stulet är pengar från insamlingsbössor. Hur mycket pengar det handlar om är inte känt, men församlingen uppger att det är pengar som skulle ha använts till mission.
Equmeniakyrkan bildades 2011 genom en sammanslagning av Svenska Baptistkyrkan, Svenska Missionskyrkan och Metodistkyrkan. Kyrkan som drabbades av inbrott är före detta Missionskyrkan på Östermalmsgatan i Motala.