Pojkarna, som är 16 respektive 17 år gamla, är misstänkta för allmänfarlig ödeläggelse.
Ingen kom till skada vid detonationen, som skedde i stadsdelen Lindeborg, men det uppstod skador på fastigheten.
Polisen har tidigare berättat att uppringare vittnade om att de sett några personer hålla på med något som liknade en bomb. Patruller skickades dit och två personer på cykel greps.
Samma fastighet utsattes för ett sprängdåd förra veckan.