Pakistanska myndigheter beordrade att de fyra männen skulle gripas innan de hade hunnit bli släppta.
En av de fyra, brittiskfödde Ahmed Omar Said, dömdes till döden för att ha planerat mordet. De tre andra männen dömdes till livstids fängelse.
Pearl arbetade för The Wall Street Journal och granskade militanta islamister i Karachi, huvudstad i provinsen Sindh, i januari 2002. Han kidnappades och halshöggs senare av gärningsmännen.
"Regeringen i Sindh anser sig ha tillräckligt med anledningar för att (de fyra) ska gripas och hållas under tre månader från och med deras gripanden" skrev en representant för det regionala styret i arresteringsordern.
I beslutet relateras också till farhågor om att de fyra männen "kan agera i strid mot landets intressen".
USA välkomnade Pakistans beslut att åter gripa männen.