Demonstranterna var oroade för att teststationen skulle innebära att coronavirus skulle spridas i området Yopougon i storstaden Abidjan.
Ett hundratal demonstranter samlades vid den hangarliknande byggnaden i söndags, de byggde barrikader och tände eld på bildäck samtidigt som de försökte riva byggnaden.
På måndagen återvände en grupp, i sammandrabbningar kastade de sten mot polis som svarade med att avfyra tårgas.
– De vill döda oss. Vi vill inte ha provtagningsstationen här, sade Joel Blehi till nyhetsbyrån Reuters reporter.
Polis försökte förklara att stationen inte var en plats för att vårda sjuka, utan bara till för provtagning.
– Kommunikationen har brustit, sade polisens talesperson Charlemagne Bleu.